Η Γαύδος είναι μια από τις πιο ξηρές περιοχές της Ελλάδας. Η καλοκαιρινή περίοδος είναι θερμή και ξηρή και διαρκεί 6-8 μήνες ενώ ο χειμώνας είναι πολύ ήπιος.
Επίσης, σύμφωνα με τα στοιχεία από το Σχέδιο διαχείρισης των Μεσογειακών Εποχιακών Λιμνίων (εγκατεστημένος μετεωρολογικός σταθμός στα πλαίσια του προγράμματος LIFE για την Διατήρηση των Μεσογειακών Εποχιακών Λιμνίων της Κρήτης) η βροχόπτωση στην Γαύδο έχει ετήσια τιμή που φτάνει μόλις τα 311mm. Επίσης, παρουσιάζει έντονες υπερετήσιες διακυμάνσεις αφού κατά το διάστημα 1992 έως το 2003 μετρήθηκαν τιμές από 130mm (2001-2002) μέχρι περίπου 550mm (1995-1996, εικόνα 2).
Η υγρή περίοδος του έτους είναι Νοέμβριος-Μάρτιος (87% της ετήσιας βροχόπτωσης) ενώ κατά τους 3 καλοκαιρινούς μήνες δεν παρατηρείται καθόλου βροχή. Ο Δεκέμβριος είναι ο πιο βροχερός μήνας και ακολουθούν ο Ιανουάριος και ο Νοέμβριος. Η παρατεταμένη ανομβρία που ξεπερνά συχνά τις 100 ημέρες σε συνδυασμό και με τις υψηλές θερμοκρασίες που συμβάλλουν στις απώλειες νερού λόγω εξάτμισης δημιουργούν πολύ μικρές υδροπεριόδους στα λιμνία της περιοχής, οι οποίες κυμαίνονται σημαντικά ανάλογα και με τα γεωμετρικά χαρακτηριστικά κάθε λιμνίου.
Μηνιαία στοιχεία βροχόπτωσης στη Ν. Γαύδο
| Μήνες | Βροχόπτωση (mm) | % | Θερμοκρασία |
| ΣΕΠ. | 5 | 2 | 22 |
| ΟΚΤ. | 23 | 8 | 21 |
| ΝΟΕ. | 55 | 18 | 18 |
| ΔΕΚ. | 85 | 27 | 15 |
| ΙΑΝ. | 64 | 21 | 13 |
| ΦΕΒ. | 33 | 11 | 13 |
| MAP. | 30 | 10 | 14 |
| ΑΠΡ. | 8 | 3 | 17 |
| ΜΑΙ. | 12 | 4 | 20 |
| ΙΟΥΝ. | 0 | 0 | 24 |
| ΙΟΥΛ. | 0 | 0 | 28 |
| ΑΥΓ | 0 | 0 | 28 |
| ΣΥΝ. | 311 | Μ.Ο. | 19 |
Διάγραμμα ετήσιας βροχόπτωσης στη Ν. Γαύδο (χρονική περίοδος 1999-2003).
Διάγραμμα μηνιαίας βροχόπτωσης στη Ν. Γαύδο.
Η θερμοκρασία στην Γαύδο είναι ιδιαιτέρως υψηλή σχεδόν καθ’ όλη την διάρκεια του έτους και κυμαίνεται από 13°C (στους μήνες Ιανουάριο και Φεβρουάριο) έως 28°C στους μήνες Ιούλιο και Αύγουστο (Πίνακας 2, εικόνα 4). Η μέση μηνιαία τιμή πέφτει ελάχιστα κάτω από τους 15°C μόνο σε 3 μήνες το χρόνο (Ιανουάριος, Φεβρουάριος και Μάρτιος) ενώ για πάνω από 5 μήνες είναι υψηλότερη από 20°C.
Διάγραμμα μέσης μηνιαίας θερμοκρασίας στη Ν. Γαύδο.